В формировании естественных ресурсов пресных подземных вод большую роль играют и структурно-гидрогеологические условия. При этом важные факторы - геологическое строение района и литологический состав (песчаники, известняки, граниты и др.) водовмещающих горных пород.
Наибольшими естественными ресурсами подземных вод обладают геологические структуры, приуроченные к предгорным и межгорным впадинам, выполненным галечниковыми образованиями. Наиболее благоприятные условия для накопления естественных ресурсов подземных вод имеют так называемые предгорные шлейфы, в геологическом строении которых также принимаю участие рыхлые песчано-галечниковые отложения. Эти породы обладают хорошими водопроницаемыми свойствами (поры заполняются водой), поэтому выпадающие атмосферные осадки на их поверхности хорошо просачиваются. В связи с этим в предгорьях шлейфа модули подземного стока достигают больших значений до десятков литров в секунду с 1 км2 площади распространения песчано-галечниковых отложений.
На формирование подземного стока оказывает влияние литологический состав коренных пород. Показатели в этом отношении - карбонатные породы (известняки, мраморы, доломиты), обладающие способностью к образованию крупных трещин и карстовых полостей. Атмосферные осадки, выпадающие на площади закарстованных карбонатных пород, почти полностью проникают в глубь массива (происходит процесс инфлюации - просачивания) и расходуются на формирование подземного стока. В связи с этим в речных долинах, разработанных в карбонатных породах, отмечается значительная обводненность, и модули подземного стока достигают здесь больших значений - 10 - 12 л/с с 1 км2 площади распространения закарстованных пород (например, бассейны рек Шугоры, Вишеры, Косьвы и других - на западном склоне Урала; рек Сосьвы, Ваграи и Ая - на восточном склоне Урала). Аналогичные процессы формирования подземного стока в карбонатных закарстованных породах отмечаются и в районах Горного Крыма.